Страница 4 из 7
Почему такое разрушение вообще происходит? Часто под действием внешних факторов, например ультрафиолетового излучения (вот почему так важно пользоваться солнцезащитными средствами) или радиации, которая всегда присутствует в атмосфере Земли.
Скорость такого распада не очень высока и сильно зависит от условий, в которых находится ДНК. Например, погибший под снежной лавиной мамонт очень быстро замерзнет, и его ДНК может сохраниться в холодных условиях намного лучше, чем ДНК неосторожного кролика, провалившегося в тропическое озеро всего, скажем, лет 50 назад. Но чтобы ориентироваться на какие-то числа, можно сказать, что скорость полураспада ДНК составляет 521 год[16]. Как посчитали? Ученые взяли от давно вымерших нелетающих птиц моа 158 костей из трех мест гибели на территории Новой Зеландии, где они когда-то проживали. Разные кости датировались возрастом от 600 до 8000 лет. Из них выделили митохондриальную ДНК, составили математические модели, учитывающие температуру окружающей среды, особенности почвы, и вывели среднее значение: при температуре около 13 °C молекула ДНК длиной 242 нуклеотида распадается наполовину за 521 год. За следующий 521 год пополам распадется оставшаяся половина, затем еще раз пополам оставшаяся и так далее. Так что получается, что даже от вымершего всего какие-то 4000 лет назад на острове Врангеля последнего мамонта ученым могут перепасть вполне крупные фрагменты ДНК, по которым мы можем узнать очень много всего об этих прекрасных созданиях. А вот надеяться на получение хоть совсем маленького фрагмента ДНК динозавра нам не стоит. Уже через пару миллионов лет от молекулы ДНК даже в самых хороших условиях остается не так много – самая древняя на декабрь 2021 года ДНК имеет возраст чуть больше миллиона лет и получена из зуба мамонта буквально недавно[17]. Последние динозавры же вымерли аж 65 миллионов лет назад.
В этой главе мы обсудили, как хранится информация об организмах и как она передается каждой новой клетке и соответственно дочернему организму от родительского. Мы поняли, что можем сравнить информацию, хранящуюся в ДНК, с набором слов, с книгой, в которой записан организм. Но как эта записанная информация становится вполне вещественными «кирпичиками», из которых состоит организм?
То есть как перейти от слов к делу?
1.3. От слов к делу
Между рецептом в книге и готовым блюдом на столе спрятался повар. Тот, кто сначала прочел, а затем, старательно соблюдая инструкции и выбирая самые лучшие ингредиенты, приготовил и подал на стол свежую, ароматную и невероятно аппетитную пиццу. На молекулярной кухне внутри каждой клетки трудится не один такой повар, а целая армия ответственных и узкоспециализированных профессионалов, чтобы в конечном итоге «подать на стол» свой кулинарный шедевр – белок – цепочку из аминокислот, которая после некоторых превращений станет важной шестеренкой в функционировании живого существа. Одни работники зажимают страницы раскрытой на нужном рецепте книги, другие – читают его вслух. Третьи тащат из кладовых на кухню нужные ингредиенты, а четвертые соединяют их в указанном порядке. Эти ребята – отточенные эволюцией за три с половиной миллиарда лет существования жизни на Земле молекулярные механизмы.
Поэтому мы сосредоточимся на ключевом понятии – центральной догме молекулярной биологии. Название пафосное, но это потому, что описывает оно ключевой принцип молекулярной биологии и вообще жизни. А сформулировал этот принцип Фрэнсис Крик – один из легендарных авторов открытия структуры[18] молекулы ДНК. Если выразить ее коротко, то в изначальном виде она звучит так: информацию, записанную в виде ДНК, можно перевести в форму РНК, а из РНК – в белок[19].
«Она [центральная догма] утверждает, что как только “информация” перешла в белок, она уже не может вернуться обратно. Если точнее, передача информации от нуклеиновой кислоты к нуклеиновой кислоте или от нуклеиновой кислоты к белку может быть возможна, но передача от белка к белку или от белка к нуклеиновой кислоте невозможна. Под информацией здесь понимается точное определение последовательности оснований нуклеиновой кислоты или аминокислотных остатков в белке», – говорит Крик в 1958 году[20], через 5 лет после открытия структуры ДНК.
А еще по ДНК может быть построена новая ДНК. В последующие годы центральная догма была снова расширена – теперь мы знаем, что на основе РНК может строится новая РНК, а некоторые вирусы, такие как ВИЧ, могут даже построить ДНК на основе РНК, – но главный принцип центральной догмы остается неизменен: изменяя последовательность белка, нельзя изменить последовательность РНК или ДНК. Поток в этом случае идет всегда только в одну сторону.
1.4. Трудности перевода
Итак, пусть ДНК – это наша книга рецептов. Каждый отдельный рецепт в ней называется «ген». Иногда ген содержит информацию для создания других молекулярных механизмов, которые будут работать в клетке. Например, для создания специальных транспортных молекул РНК, которые доставляют аминокислоты на их рабочие места. Но чаще всего ген – это все же инструкция по сборке белка.
Белки – строительные и функциональные единицы всего живого – блюда, ставшие результатом приготовления по рецептам-генам. Поговорим немного о процессе их приготовления, в котором главную роль играют РНК.
Молекулы РНК бывают разные. Хотя все они и представляют собой похожую на ДНК последовательность азотистых оснований, скрепленных с несущими их сахарами. У ДНК в клетке не так много обязанностей – хранить информацию да передавать ее потомкам. У молекул РНК задач намного больше. Их можно назвать молекулярными инструментами, с помощью которых в клетке выполняется самая разная полезная работа. Объем работ для каждой задачи разный, потому и нужные инструменты необходимы клетке тоже в разных количествах. Все как в жизни – например, у меня на кухне есть сразу несколько ножей, но только одна открывашка для консервных банок. Если же взять активно функционирующую клетку и подсчитать соотношение разных типов молекул РНК в ней, то окажется, что на долю рибосомальной РНК (необходимой для сборки молекулярных «заводиков» по производству белков) приходится порядка 90 % от общего количества всех РНК в клетке. Еще 4 % молекул РНК – это транспортные РНК – или «грузовики», которые поставляют «строительные материалы» на «заводы». Немногим больше 1 % – различные другие типы молекул РНК (например, малые ядерные РНК). И всего 3–5 % молекул РНК – информационные, или матричные, РНК – будут интереснее всего для нас в контексте этого рассказа[21].
В нашей аналогии с заводом и грузовиками мРНК стали бы распечатанной копией конкретной инструкции для сборки готовой детали. Но постойте! Мы же чуть ранее уже назвали ген инструкцией (или рецептом) по сборке! Все верно. Здесь уместно сравнить ген с рецептом, являющимся частью книги, а мРНК – с рецептом, выписанным на отдельную карточку, в текст которого внесены некоторые изменения. А пока не пугайтесь следующей странной просьбы: громко вслух произнесите слово «молекула».
Прочли? При чтении вслух мы переводим символы в звуки. Буква «к» в слове «молекула» соответствует звуку [к]. Но вот безударная «о», например, мягко маскируется под [а]. Так и РНК похожа на ДНК, но некоторые отличия, никак не влияющие на саму информацию, передаваемую в тексте, все-таки есть. Мы помним, что в «алфавит» ДНК входит четыре основания, четыре «буквы»: А – аденин, Т – тимин, Г – гуанин, Ц – цитозин. Если бы мы хотели «что-то сказать» при помощи этого алфавита, то получили бы, к примеру:
16
The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils Morten E. Allentoft et al Published:10 October 2012. https://doi.org/10.1098/rspb.2012.1745
17
Van der Valk T. et al. Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths. Nature. 2021 Mar;591(7849):265–269. doi: 10.1038/s41586–021–03224–9. Epub 2021 Feb 17. PMID: 33597750; PMCID: PMC7116897. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33597750/
18
Речь здесь именно о классической структуре. То есть двуцепочечной правозакрученной спирали, в виде которой мы обычно видим ДНК на картинках. Такая форма получила название B-форма, что наталкивает на мысль о существовании и других форм вроде A или C. И они действительно существуют! Как еще и буквы Z, H… Разные формы молекула ДНК умеет принимать при различных условиях среды. Она может быть право- или левозакрученной, иметь разное количество «ступенек» на один виток спирали, или даже состоять не из двух, а из трех закрученных нитей! Такую форму – правозакрученной спирали из трех нитей – H-форму ДНК – открыли только в 1986 году. А еще вам может быть любопытно узнать, что H-форма ДНК дает ученым целых две разные возможности для редактирования геномов животных и растений! Чтобы узнать об этом больше, а также забавную историю самого открытия, можно прочесть прекрасную книгу «Самая главная молекула. От структуры ДНК к биомедицине XXI века» от одного из авторов открытия М. Д. Франк-Каменецкого.
19
Подробнее об этом советую видео «Центральная догма молекулярной биологии», где биофизик Максим Франк-Каменецкий рассказывает о транскрипции нуклеотидов в аминокислоты, ретровирусах и болезни куру. https://postnauka.ru/video/44252.
20
Crick F. H. On protein synthesis. Symp Soc Exp Biol. 1958;12:138–63. PMID: 13580867.
21
Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение.